物流业的发展对我国海关提出的挑战经过十余年的努力，基本建立了符合市场经济模式的税收制度体系，在2010年实现税收1.3万亿元，比上年增长35%，改革创新成效十分显著。而伴随着我国对外贸易的扩大和服务业的开放，经济全球化.物流的国际化.经营的专业化.进出口物流业的迅速发展，给海关现有的传统通关监管模式带来了巨大挑战。

(一)海关管制资源的合理分配在2002年至2010年间，国际贸易额每年增长8%左右。与此同时，地区贸易协定以及由此而来的优惠原产地规则也随之增多。就物流快递业而言，目前世界上几家大型物流公司(如UPS.敦豪.联邦快递等)已经相继进驻我国，极大拉动了我国快递业务量的快速增长。光是2010年全年我国对外贸易进出口总值就达到3万亿美元，同比增长34.7%，全球主要贸易地区的发展势头很好，以中国东盟自由贸易区为人口6.5万亿美元。年GDP为4.5万亿美元。全球最大的自由贸易区为全球最大的自由贸易区，关于货物运输.行李物品.旅客进出境等各方面的监管问题，对海关工作造成了前所未有的压力，但近年来我国海关关员人数却保持在5万人左右。相对于大型进出口物流总量而言，必然会对海关监管资源的配置和监管模式的运行带来严峻考验。另外，及时分配.维持低库存和多式联运等新的商业模式和需求，导致跨国境运输方式的创新，以及对供应链施加更大压力，商界强烈要求在不公平的国际贸易惯例中予以保护。

(二)随着中国加入世贸组织体系的逐步落实，传统思想和管理模式面临的挑战，尽管2011年的关税总税率已降至9.8%，而流通行业.特许权.运输.仓储等与物流主业和辅业密切相关的市场逐渐开放，国际市场，快速交货.产品个性化.零库存管理"的运作模式与物流管理方式，这对海关现行的管理理念和监管模式提出了新的挑战。民众认为，偷运货物过境是一种严重的威胁，希望海关能保证货物符合具体的质量和安全标准，同时也会影响到公共卫生，对动物、植物和环境造成的威胁。比方说，欧盟每年就有三千五百万件因吸烟而被查获的知识地区被盗用，其中中国的比例尤其高，约为68%。“收税、统计、打私”的传统监管模式，完全不能满足这些执法需要。

(三)由美国管理专家Laurence.J.Peter提出的Bucketseffect(bucketseffect)对供应链管理各方的总体效能构成挑战，组成组织的不同部分常常有优劣之分，缺点往往决定了整个组织的层次。快速发展的国际物流同样必须以供应链各方的整体提升为前提。自2003-2010年，我国海关实施了第二步通关战略，通过了通关作业制度的改革，例如，H2000.H2010的电子口岸联网监管等，初步建立起完善的物流监控系统，加强了海关监管，并在一定程度上适应了物流高效率、低成本的发展要求，有力地推动了物流产业的快速发展。但是从第三方物流的运行程序分析，物流就是一个与信息流、资金流相结合的动态过程。报关在物流方案执行过程中，目前监管手段所能掌握的只是其中有限的部分以及整个物流链中的一部分，关于占全球贸易50%的联营贸易.偷税漏税行为至今还没有一个统一的管理机制来处理，关务之间.迫切需要在海关和企业之间、海关和其他政府部门之间建立一种深远的.有用的伙伴关系以加强合作.提高效率。